褪黑素通常有一定的副作用。褪黑素可能会引起内分泌紊乱的症状。怀孕期女性也不能使用,可能会导致胎儿畸形的现象发生,还可能会引起孕妇心脏病的症状。长期使用还可能会导致头晕、焦虑以及嗜睡等现象,也有些人服用后可能会导致注意力不能集中的现象。另外如果服用过量还可能会增加中风的风险。