由于温度过高可能会出现心肌细胞严重脱水坏死。且在手术的过程中会对交感神经造成损害,如果对希氏束造成损害就会出现房室传导重度阻滞,严重的还会导致心脏穿孔,而且做完心脏射频消融术也有失败率,治愈不够彻底。但是此方法通常是在患者使用药物无法控制时进行。