眼睛有滤泡一般不会自愈。这种情况主要是病毒或者是细菌感染所引起的滤泡性结膜炎,大多是病毒感染比较常见,需要在医生的指导下来使用阿昔洛韦滴眼液进行抗病毒,通常能够使滤泡进行消退。如果这种情况长期存在,并且出现眼睛不适的时候,可以及时到医院将滤泡刮除。