打疫苗发烧39度反复可以通过酒精擦拭身体来进行退烧。如果症状比较严重,就需要到当地医院进行全面检查,可以在医生指导下通过口服消炎退烧药物来进行治疗。打疫苗发烧是因为体内有病毒感染,并且跟免疫力差也有关系,也要注意针口处卫生,不要用手去抓挠局部,防止细菌感染,从而就会使伤口出现发炎。