眼袋手术的副作用有永久性的下睑外翻，血肿(术前未作血常规检查、血凝等；以及术中操作补规范损伤大又没有及时止血)，术中及术后感染(手术室、器械消毒不合格，术后预防感染措施不及时等)，双侧不对称或眼袋仍然存在(手术设计不成熟去除较少松弛皮肤和组织)等。
