舌根囊肿一般情况下不会自愈。当囊肿一旦形成,就需要到医院进行详细的检查,明确其病因,采取最适合的治疗方法进行治疗,必要时可能需要采取手术切除,才可以更好的控制病情,如果囊肿比较小且对人体没有其他危害,可以在医生的帮助下使用药物进行保守治疗,但是要定期到医院进行复查,避免出现二次生长的情况。