核磁共振对软组织和中枢神经系统有较高的敏感性,可用于多器官疾病的诊断。在头部可用于脑出血病、脑缺血病、脑脓肿、脑肿瘤、白质病变,以及脑血管病等。在小器官中,可以诊断甲状腺和乳腺疾病,特别是对敏感性高的占位性病变。腹部可诊断肝、脾、胆、胰、泌尿系统及妇科疾病,包括各种占位性病变和一些炎症性病变。在肌肉方面,也可以诊断一些皮下组织疾病。