甲硝唑常见的副作用是胃肠道反应。如恶心、厌食、呕吐、腹泻、腹部不适、味觉改变、口干、口腔金属味等,是一种可逆性粒细胞减少症。还有过敏反应,例如,有皮疹、**、瘙痒、中枢神经系统症状,例如头痛、头晕、晕厥。感觉和肢体麻木,共济失调和精神障碍。最严重的不良反应,当高剂量时,可导致癫痫发作和周围神经病变。孕妇和饮酒的病人也被禁止。