区别在于治疗疾病不同,但是部分药效相似。牛黄清胃丸可以起到清胃泻火以及润燥通便功效,对于患有心胃火盛、头晕目眩以及便秘,尿赤等疾病具有治疗效果。牛黄上清丸属于清热剂,具有清热泻火以及散风止痛功效,对于患有热毒内盛以及风火上攻引起的头晕眩晕、咽喉肿痛以及口舌生疮等疾病具有治疗效果。