男性尿道结石的疼痛部位主要是会在尿急尿痛排尿的时候有阻力,而且尿道结石的疼痛主要发于泌尿系统,尤其是膀胱处可能会比较明显,所以如果出现了尿道疼痛或者是尿道狭窄感染,都可能会有疼痛感,并且还容易造成黏膜损伤,在出现疼痛后,要及早的进行碎石处理。