非淋菌性尿道炎主要由生殖道沙眼感染引起,也可能与解脲支原体和生殖支原体有关。人类感染沙眼衣原体后,通常需要一段潜伏期,然后症状再次出现。通常潜伏期约为1至3周,平均为2周。但是,超过一半的人没有症状,只有隐性感染。实验室检测发现沙眼衣原体感染。每个人潜伏期的具体长度可能与生殖道衣原体感染的类型、毒力和免疫状态有关。