在遮盖疗法中需要注意的不良反应包括:经过遮盖治疗的儿童可能在健眼发生遮盖性弱视,这种弱视一般在打开遮盖后会很快恢复。由于眼罩的粘贴治疗产生不同程度的皮肤刺激(轻度刺激占41%,中度或严重的刺激占6%)。可以通过变换不同的遮盖方法或在儿童不进行遮盖时将润滑剂涂于刺激的区域,来尽量减少遮盖后的刺激性。应当告知家长/监护人仔细地监查戴着遮盖布罩的儿童。