变性手术的后遗症主要分三个方面:1、生育能力的缺失,患者变性后是没有生育能力的。2、内分泌问题,需要定期使用雌性荷尔蒙或雄性荷尔蒙来维持第二性征。3、寿命可能缩短,由于长时间的外科手术和术后长时间的激素摄入,患者的寿命很可能会缩短。