您好,根据您的描述,考虑您宝宝牙齿上的咖啡斑点是牙菌斑,是因为晚上喝奶后没有刷牙或者漱口,经过发酵以致细菌沉淀,所以要注意宝宝口腔的清洁,三岁的宝宝可以教他学会刷牙了,并且要坚持早晚刷牙,尤其是晚上,因为牙面上的奶渍会为细菌提供了丰富的营养物质,从而使细菌大量增殖,细菌沉淀便形成了牙菌斑,牙菌斑主要对牙和牙龈构成危害,容易导致龋病和牙周病。所以家长应该引起注意。希望我的回答可以帮到您,祝您健康顺利。