两种疾病的病因有所不同,真菌毛囊炎是受到了真菌感染,在治疗上需要选择有抗真菌作用的药物,细菌性的毛囊炎属于被细菌感染,比较常见的是金黄色葡萄球菌,一般需要选择抗菌药物治疗。而且两种疾病患病的部位也有所不同,真菌性毛囊炎大多数在前胸、腹部和肩背部,毛细菌性毛囊炎大多在面部、外阴、臀部。