小檗碱甲氧苄啶胶囊的功效可以治疗敏感菌导致的胃肠炎疾病或者细菌性痢疾,可以用于治疗胃肠炎以及肠道感染类的疾病。服用药物后可能会出现恶心、呕吐或者腹泻,以及药疹的不良反应,药物停止服用后,不良反应会自行改善,对药物过敏者或者是新生儿以及两个月以内的婴儿不可以服用。