拇指根部疼有可能是骨折引起,也可能是腱鞘囊肿导致的疼痛。如果在平时做过过激烈的运动,就会导致小指软组织挫伤就会出现疼痛,如果患有颈椎病,在压迫神经后,也会导致小拇指疼痛,如果经常出现小拇指疼痛,可以到医院进行相关的检查,明确病因后再对症治疗。