婴儿吃胃蛋白酶有害处有影响正常消化系统、导致消化能力下降等,胃蛋白酶主要可以起到促消化作用,此药物主要用于缺乏胃蛋白酶或者是消化功能减退等原因引起的消化不良,可以在医生指导下使用胃蛋白酶治疗,自己不能盲目用药会对患者身体造成损伤,导致病情加重。