三岁儿童根管治疗的危害可能会在治疗期间出现髓腔壁穿孔的情况,而且孩子也比较小,通常不能够配合医生,所以在治疗期间很有可能会存在一定的危险。可以先通过保守的方法进行治疗,比如使用药物治疗,而且还要注意口腔卫生,可以等孩子稍微大一些以后再进行治疗,或者是换牙的时候再治疗。