胎儿长胎记的原因是非常多并且复杂的,如果在怀孕早期,控制基因段出现了小范围的错构,会引起特定部位的组织分化出现异常情况,进而出现胎记,,女孩长胎记比男孩长胎记的比率会高很多,所以说胎儿长胎记与雌激素水平有一定的关系,所以雌激素的水平高低是引起胎儿长胎记的原因之一。