是会有一定疼痛感的。在做药物流产前需要做b超检查,来明确是否宫外孕,针对这种现象是不可以做药物流产的,同时还要配合抽血检查来评估身体状况。在停经49天内妊娠,属于怀孕早期,在做药物流产的时候也会引起子宫收缩才能够将孕囊排出,所以是会有疼痛情况的,并且在孕囊排出以后,疼痛会明显缓解。