宝宝发烧39.6一般不会烧坏脑子,如果持续性发烧或者不退烧,有可能会烧坏脑子。如果是病毒感染引起的炎症,需要通过口服退烧药物和消炎药物来治疗。平常出现急性高热,是由于颅内感染引起细菌性脑膜炎,会损伤大脑,严重的还会造成脑瘫的情况,需要给予抗感染和抗细菌药物的治疗。