扁桃体发炎39度,一般会伴有头痛,咽痛等症状,可以服用退烧药来退烧,如果反复发烧,建议去医院进行血常规检查,如果白细胞偏高,可能是细菌感染,如果白细胞不高,可能是病毒感染,需要在医生的指导下使用药物来进行治疗,同时一定要注意多喝水,在饮食上要清淡,不吃辛辣刺激等食物。