可以到医院通过静脉注射抗真菌药物来治疗,也可以口服制霉菌类的药品来进行医治,具体需要使用哪种治疗方法要结合患者自身情况而定。出现真菌性肠炎之后很可能会伴随着腹痛腹泻等不良表现,在治疗期间一定要及时补充机体所流失的大量水分,这样能够避免脱水,对于病情恢复也具有帮助作用。