凝结芽孢杆菌一般不会出现副作用,如果超量使用可能会出现便秘的症状。凝结芽孢杆菌主要用于治疗出现慢性腹泻、腹部疼痛以及消化不良等患者,对于微生态制剂有过敏的患者是禁止使用的,在使用药物三天左右症状没有得到缓解,或者是出现加重的情况后,要停止用药,到医院进行相关治疗。