跑步后膝盖不舒服的原因有很多。首先,膝关节是人体中最复杂的关节,其解剖结构主要由骨骼、韧带、关节、肌肉、半月板、囊等组成。由于长期锻炼或制动,一些组织结构受损或得到补偿,导致相应的症状。与膝关节相关的疾病包括半月板损伤、滑膜皱襞综合征、交叉韧带损伤等。以上健康科普知识仅供参考。具体情况需要在正规医院进行检查,并由专业医生进行判断。