近视眼手术的主要危险因素有角膜穿孔、白内障和细菌性眼内炎。溃疡、延迟愈合和角膜内皮损伤。术后瘢痕和上皮囊肿引起不规则散光，严重影响视力。残余近视、屈光参差、散光或过度矫正。然而，这些病例的比例并不高，只要主治医生严格按照正确的程序，一般都是可以避免的。
